金属穿线管内部生锈可能会影响电线电缆的导电效果和电气设备的正常运行，因此需要及时处理。处理金属穿线管内部生锈的方法有以下几种：

清洗法：将金属穿线管内部的电线电缆取出，用清洁剂或者去锈剂进行清洗，清洗后再重新安装电线电缆。

酸洗法：使用酸性溶液进行酸洗，可以将金属穿线管内部的生锈物质清除干净，使管道内部变得干净光滑。

粘贴法：在金属穿线管内部壁面涂抹一层亚油酸或者氧化铝胶，可以防止管道内部生锈物质进一步腐蚀，起到保护作用。

更换法：如果金属穿线管内部的生锈过于严重，可以考虑更换新的金属穿线管，以确保电线电缆的安全和正常运行。

总之，金属穿线管内部生锈需要及时处理，可以采用清洗法、酸洗法、粘贴法或更换法等方法进行处理。在处理金属穿线管内部生锈时，需要注意操作规范和安全，保证处理效果和人身安全。同时，在进行金属穿线管的使用和维护时，需要遵守国家和地方相关的电气安全规范和标准，保证电气设备的安全和正常运行。